聚丙烯酰胺絮凝劑在廢水處理中的絮凝效果主要是由于其長鏈(線性)分子結構和含有大量活性基團的聚丙烯酰胺分子兩個特點。聚丙烯酰胺是一種直鏈聚合物，因為每個分子都由100，000多個單體聚合而成，并且分子鏈很長。如果矯直，它的長度是普通分子(如蔗糖)或離子(如Ca2+)的數萬倍。 　　因為它的分子又長又薄，它們彎曲或卷曲成不規(guī)則的彎曲形狀。長鏈延伸到許多化學活性基團的外部：-conh2和羧基-coo。酰胺是非離子基團，但它們也善于形成價鍵，吸附和連接其他物質的活性基團。由于聚丙烯酰胺分子長而薄，具有許多化學活性基團，因此它們可以通過與沉淀顆粒形成大量的連接而形成較大的絮體。 　　這些絮體的結構與棉毛一樣松散無定形，疏松無定形，但不太。絮凝劑的內部絡，含有大量的液體，因此絮凝劑的比重與液體本身相當接近。絮凝過程中還存在多種顆粒，將不同組分、不同性質、不同粒徑的顆粒聚集在一起。 　　因此，好的絮凝劑處理可以去除溶液中的原始顆粒，使溶液顯得清晰、和光亮。由于絮凝粒徑大，沉淀和過濾速度快。聚丙烯酰胺絮凝劑和膠體在廢水中的絮凝作用絡產生的。根據上述機理，分子量大、分子長的聚丙烯酰胺能吸附更多的顆粒，絡，絮凝效果較好。